雨水渗透系统流程一般比较简单，主要包括截污或预处理措施、渗透设施和溢流设施。雨水渗透设施可以是一种或者多种的组合。雨水渗透方案的选择与规模确定主要根据工程项目的具体要求和现场条件。
根据雨水渗透目的的不同，大致可分为三种情况：
一是以控制初期径流污染为主要目的；
二是为减少雨水的流失，减小径流系数，增加雨水的下渗，但没有调蓄利用雨水量和控制峰值流量的严格要求；
三则是以调蓄利用（补充地下水）或控制峰值流量为主要目标，要求达到一定的设计标准；
这三种情况下设计雨水渗透系统会有很大的不同。对第一种情况，主要是利用汇水面或水体附近的植被，设计植被浅沟、植被缓冲带或低势绿地，吸收净化雨水径流中的污染物，保证溢流和排水的通畅，一般不需要进行特别的水力和调蓄计算，对土质要求也较低；第二种情况有些类似，也是尽可能利用绿地或多采用透水性地面，对土壤的雨水渗透性有一定的要求，但对雨水渗透设施规模没有严格要求，或进行适当的调蓄和水力计算，保证溢流和排水的通畅；第三种情况则不同，首先根据暴雨设计标准确定需要调蓄的径流量或削减的峰值流量，确定当地土壤的渗透系数并符合设计要求，根据现场条件选择一种或多种适合的雨水渗透设施，通过水力计算确定雨水渗透设施的规模（渗透面积、长度、调蓄容量等），以实现调蓄利用和抑制峰流量的目标，同样也需要考虑超过设计标准的雨水径流的溢流排放。
在城市住宅区、公园等区域内设计雨水渗透系统一般采用多种雨水渗透设施的组合方式。
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